Zastąpi na tym stanowisku dotychczasowego metropolitę abp. Mariana Gołębiowskiego, którego zrezygnował ze względu na osiągnięty wiek emerytalny (75 lat).
Abp Kupny ma 57 lat. Święcenia kapłańskie przyjął w 1983 r. W latach 80. XX w. był wikariuszem w katowickich parafiach.
Ukończył Akademię Teologii Katolickiej oraz Katolicki Uniwersytet Lubelski, gdzie uzyskał stopień magistra socjologii. Od 1992 r. był asystentem w Katedrze Katolickiej Nauki Społecznej KUL. W 1993 r. uzyskał stopień doktora nauk humanistycznych filozofii socjologii.
W latach 2001 - 2006 był rektorem Wyższego Śląskiego Seminarium Duchownego w Katowicach. Od 21 listopada 2001 r. pełnił też funkcję zastępcy dyrektora Wydziału Duszpasterstwa Ogólnego Kurii Metropolitalnej w Katowicach.
W grudniu 2005 r. Nuncjatura Apostolska w Warszawie ogłosiła decyzję papieża Benedykta XVI, który mianował ks. Józefa Kupnego biskupem pomocniczym archidiecezji katowickiej. W lutym 2006 r. abp katowicki Damian Zimoń ustanowił bp. Kupnego wikariuszem generalnym archidiecezji katowickiej.